補助金は複数同時に申請できる？併用できるケース・できないケースと注意点【中小企業向け】

「複数の補助金を同時に申請してもいいのか」「2つの補助金を組み合わせて使えないか」——設備投資や新規事業にまとまった資金が必要なとき、中小企業・個人事業主の方からよくいただくご質問です。結論からいえば、複数の補助金に申請すること自体は可能です。ただし「同じ経費や計画に複数の補助金を重ねて受け取る」二重取りは認められないなど、押さえておくべきルールがあります。この記事では、複数申請・併用の可否と、組み合わせできるケース・できないケース、注意点を整理して解説します。なおルールは公募回ごとに変わるため、申請時は必ず最新の公募要領で確認してください。

「複数申請」には2つの意味がある

まず、よく混同される2つの言葉を整理します。

• 併願（同時に複数の補助金へ申請する）：複数の補助金に同時に申請を出すこと。申請の段階の話です。
• 併用（複数の補助金を組み合わせて受給する）：採択された複数の補助金を、実際に組み合わせて受け取ること。受給の段階の話です。

「複数同時に申請できるか」という疑問には、この2つの観点から答える必要があります。

複数の補助金に「申請」するのは可能（併願）

複数の補助金に同時に申請すること自体は、原則として可能です。採択は確実ではないため、複数に申請して可能性を広げること自体は問題ありません。

ただし注意点があります。同一の事業内容で複数の補助金に申請し、両方が採択された場合は、どちらか一方を選び、もう一方は辞退するのが原則です。同じ事業・同じ経費に対して二重に補助を受けることはできないためです。「とりあえず両方出しておき、通った方を使う」という使い方になるイメージです。

「併用」の大原則：同一経費の二重取りは禁止

複数の補助金を組み合わせる「併用」で最も重要なのが、同じ経費に対して複数の補助金（や助成金）を重複して受け取ることはできないという大原則です。たとえば、ある機械の購入費500万円について、A補助金とB補助金の両方から補助を受ける、といったことは認められません。

これは補助金と助成金の組み合わせでも同じです。同一経費に国の補助金と自治体の助成金を重ねて充てることは、原則としてできません。

併用できるケース・できないケース

併用できるかどうかを分ける最大のポイントは、「同一事業・同一経費」かどうかです。事業の目的と経費がきちんと分かれていれば、複数の補助金を併用できる場合があります。

併用できる可能性があるケース

• 事業も経費も別々：たとえば、ものづくり補助金で生産設備を導入し、別の販路開拓事業について持続化補助金を使うなど、事業と経費が明確に分かれている場合。
• 費目（経費の使い道）を切り分けている：同じ取り組みの中でも、機械装置費はA補助金、広告宣伝費はB補助金、というように、対象経費が重ならないよう分けている場合。
• 国と自治体で趣旨・対象が異なる：国の補助金と自治体の補助金で、対象経費や目的が別になっている場合（制度ごとの条件によります）。

併用できないケース

• 同じ経費に複数の補助金を充てる：1台の機械の購入費を、2つの補助金で重複して補助してもらう。
• 同一事業で両方採択された：同じ事業計画で複数申請して両方通った場合は、一方を辞退する必要があります。

複数申請するときの注意点

経費の切り分けを明確にする

併用を狙う場合、経費の区分け（切り分け）が曖昧だと、事務局の検査で「経費の重複」を疑われるリスクがあります。どの経費をどの補助金で申請するのかを、見積り・契約の段階から明確に分けておくことが重要です。

「前回は大丈夫だった」を当てにしない

補助金のルールは公募回ごとに頻繁に変更されます。以前は併用が認められた組み合わせでも、最新の公募要領では扱いが変わっていることがあります。「前回は大丈夫だったから」という思い込みは禁物です。

スケジュールと事務負担を見込む

複数の補助金を同時に進めると、申請書類・実績報告・検査対応もその分増えます。締切や報告時期が重なると負担が大きくなるため、スケジュールと社内の事務体制を見込んでおきましょう。

後払いの資金繰りも倍になる

補助金は原則として後払い（精算払い）です。複数の事業を同時に走らせると、立て替える金額もその分大きくなります。入金までの資金繰りを、つなぎ融資や自己資金の確保も含めて計画しておくことが大切です。

よくある質問（FAQ）

Q. 複数の補助金に申請するだけなら問題ありませんか？

A. 申請すること自体は原則可能です。ただし同一事業で両方採択された場合は、一方を辞退する必要があります。

Q. 補助金と助成金なら同時に使えますか？

A. 対象とする経費が別であれば併用できる場合があります。ただし同じ経費に補助金と助成金を重ねて充てることはできません。

Q. 自社のケースで併用できるか判断がつきません。

A. 併用の可否は、事業・経費の分け方や各制度の最新ルールによって変わります。判断に迷う場合は、自己流で進めず、補助金支援の実績がある専門家に経費の切り分けから相談することをおすすめします。

まとめ

複数の補助金に申請すること自体は可能ですが、同一事業で両方採択されれば一方を辞退するのが原則です。組み合わせて使う「併用」では、同じ経費に複数の補助金を重ねる二重取りは禁止で、事業・経費が別であれば併用できる場合があります。鍵になるのは経費の切り分けを明確にすること、そして公募回ごとにルールが変わる点に注意することです。複数申請・併用は資金調達の幅を広げられる一方で、判断を誤ると検査で経費の重複を指摘されるリスクもあります。自社のケースで併用できるかどうかに迷ったら、補助金支援の実績がある専門家へ早めに相談することをおすすめします。

【無料相談のご案内】

弊社では、元補助金審査員の三浦を中心とした各種専門家チームが補助金支援を行っております。このケースは補助金の対象になるのか？といった疑問に対して適切なアドバイスを無料にて行っております。無料相談も行っているので、ぜひいちどご相談ください。お問い合わせお待ちしております！

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この記事を監修した人

中野裕哲／Nakano Hiroaki

税理士法人V-Spiritsグループ代表／税理士／行政書士／特定社会保険労務士／採用定着士／ファイナンシャルプランナー／起業コンサルタント／経営コンサルタント／大正大学招聘教授

税理士法人V-Spiritsグループ代表の中野裕哲は、中小企業経営者のために、税務・会計だけでなく、採用、人事、資金繰り、融資、補助金、助成金、営業、Webマーケティング、売上導線設計まで横断的に支援する実戦型経営税理士です。

経営の悩みは、突き詰めると「人・金・売上」に集約されます。中野裕哲は、大企業人事部、人材紹介会社の採用エージェント、中小企業の財務責任者、大手不動産会社での営業、出版・Web制作による集客導線構築など、幅広い実務経験をもとに、経営者の意思決定を支援します。

【対応領域】
税理士顧問、社労士顧問、補助金支援、助成金支援、資金調達支援、採用力診断、売上導線診断、経営参謀顧問。税務・会計・決算・節税に加えて、経営分析、労務管理、社会保険、助成金、採用体制づくり、融資、補助金、事業計画、営業戦略、Webマーケティング、出版、メディア活用まで一体的に相談できます。

中野裕哲は、家業の倒産危機からの壮絶な貧乏体験を原点に、お金で苦しむ経営者をひとりにしないことを掲げています。資金繰り、採用、売上づくりの壁に対して、経営者目線で伴走します。

【主な実績】

• 起業支援・経営支援の豊富な実績
• 起業相談件数3,000件以上
• 資金調達支援1000件以上
• 大企業Webサイト多数監修
• 商業出版著書監修約32冊（累計30万部超）

V-Spiritsグループでは、融資・補助金・金融機関対応に詳しい社内役員チームも伴走します。元経済産業省系補助金審査員・事務局員、元日本政策金融公庫支店長、元信用金庫融資担当営業などの専門家が、補助金申請、事業計画、資金繰り、金融機関対応を実務面から支援します。

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